Die Organisationsformen und Strukturen haben sich im Laufe der 5 Jahrzehnte
des Bestehens der Humboldt-Gesellschaft in Einzelbereichen geändert. Dies
ist ein Anpassungsvorgang an die Gegebenheiten der jeweiligen Gegenwart,
der sich jede Vereinigung stellen muss.
Die Gesellschaft besteht aus ordentlichen und fördernden Mitgliedern.
Die Leitung der Gesellschaft obliegt einem Präsidium, dessen Amtszeit 3 Jahre beträgt. Alle Funktionen werden ehrenamtlich ausgeübt. Das Präsidium besteht z. Zt. (2010 – 2012) aus 10 Persönlichkeiten, die auch für Kontaktaufnahmen zur Verfügung stehen.
Ein Akademischer Rat ist integraler Bestandteil der Gesellschaft. Er berät das Präsidium sowie weitere Organe der Gesellschaft in fachlichen oder wissenschaftlichen Fragen, insbesondere bei der Erfüllung der in der Satzung festgelegten Aufgaben und Ziele der Humboldt-Gesellschaft. Die Leitung innerhalb des Akademischen Rates liegt in den Händen einer Koordinatorin.
In der Humboldt-Bibliothek werden alle erreichbaren Publikationen über das Leben und Wirken der Brüder von Humboldt zusammengeführt. Sie steht allen Mitgliedern, aber auch der Öffentlichkeit, zur Verfügung.
Die Finanzmittel werden ausschließlich durch Mitgliedsbeiträge und Spenden aufgebracht.
Entsprechend ihren satzungsgemäßen Zielen ist die Humboldt-Gesellschaft als gemeinnützig (gemäß § 51 ff AO) anerkannt; die steuerrechtliche Absetzbarkeit erfolgt gemäß § 10 b EStG. Zuständig für die Gesellschaft ist das Finanzamt Mainz.